Madrasah Tsanawiyah Negeri 5 Tegal merupakan lembaga pendidikan lanjutan tingkat pertama yang bernaung di bawah Kementerian Agama dan di dalam aktifitasnya berciri khas atau bernuansa Islami.

Lembaga ini sebelumnya bernama MTs Satu Atap (MTs-SA) dan dikelola oleh Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN ) Pecabean yang sekarang menjadi MIN 2 Tegal. Pendirian MTs Satu Atap merupakan tindak lanjut dari program kemitraan pendidikan Australia-Indonesia Basic Education Program (AIBEP) pada periode tahun 2006-2009 yang berhasil membangun 1.570 Sekolah Menengah Pertama (SMP).

Pada awal berdirinya, MTs-SA Pecabean Kabupaten Tegal dibangun dengan partisipasi masyarakat melalui program kemitaaan Australia-Indonesia untuk pendidikan dasar Tahun Anggaran 2009 dengan biaya sebesar 718.459.000. Kemudian pada tanggal 11 Desember 2009 ditetapkan oleh Komite Pembangunan Madrasah MTs-SA Pecabean Pangkah Tegal sebagai hari peresmiannya.

Pada Tanggal 15 Mei 2018, berdasarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 100 Tahun 2018, nama MTs-SA Pecabean diganti dengan MTsN 5 Tegal dan diresmikan oleh Drs. H. Farhani, S.H., M.M. selaku Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah.

Adapun masa kepemimpinan kepala madrasah dari awal hingga kini meliputi:

• Hj. Alfiyah, S.Ag., M.Pd. (MTs Satu Atap Pecabean)
• Drs. H. Muh. Muntoyo, M.Pd. (Filial MTsN 2 Tegal)
• Drs. H. Nur Hamid, M.Pd (MTsN 5 Tegal)
• Drs. H. Fatchurodji, M.Pd (MTsN 5 Tegal)